თავდაცვის მინისტრის 1997 წლის 22 აპრილის ბრძანებით, სასწავლო ცენტრი კრწანისი პოლიგონის ,იაღლუჯა" ბაზაზე ჩამოყალიბდა. 2002 წლიდან ცენტრში ამერიკელი ინსტრუქტორების მიერ ქვედანაყოფების მომზადება "წვრთნისა და აღჭურვის" (GTEP) პროგრამით დაიწყო, მომზადდა ხუთი ბატალიონი. 2004 წლის რეფორმების შედეგად კი ცენტრს ეროვნული სტატუსი მიენიჭა.

ეროვნულ სასწავლო ცენტრში სამხედრო მოსამსახურეთა პროფესიული დონის ამაღლების მიზნით, სხვადასხვა პროგრამები განხორციელდა: 2004-2005 წლებში "ახალგაზრდა ჯარისკაცთა (რეკრუტთა) საბაზისო მომზადების" პროგრამა, 2005 წელს "საქართველოს უსაფრთხოების და სტაბილურობის შენარჩუნების" და "სამშვიდობო ოპერაციების წინა მოსამზადებელი კურსები". ჩატარდა ასევე, "წვრთნის დაგეგმარებისა და ტვირთის გადაზიდვის ექსპერტების მომზადების კურსები".

2009 წლიდან, ავღანეთის უსაფრთხოების ხელშეწყობის საერთაშორისო ძალების (ISAF) სამშვიდობო მისიაში მონაწილეობის მისაღებად სასწავლო ცენტრში ბატალიონების გადამზადების პროცესი დაიწყო.

2010 წელს ცენტრში "მშვიდობის მხარდამჭერი ოპერაციების ინსტრუქტორთა მომზადების კურსი" ბრიტანელი ინსტრუქტორების მიერ ჩატარდა;

2010 წლიდან "კრწანისში" სიმულაციური სასწავლო ცენტრი ფუნქციონირებს, სადაც მუშავდება სხვადასსხვა სახის ოპერაციების გეგმები და სცენარები; ტარდება სწავლებები ჯარების მართვის და ოპერაციების გათამაშებით, მოწინააღმდეგის შესაძლო მოქმედებების გათვალისწინებით; ტარდება ასეულის და ოცეულის სწავლებები MILES-ის სიმულიაციური მოწყობილობების გამოყენებით.

ეროვნული სასწავლო ცენტრი ,,კრწანისი" ამჟამად გაერთიანებული შტაბის წვრთნებისა და სამხედრო განათლების სარდლობას ექვემდებარება, ხოლო დისლოკაციის ადგილია რუსთავის გზატკეცილი, სოფელი კრწანისი.