1991 წელს ამჟამინდელი სამთო მომზადების სკოლის ბაზაზე დაარსდა მე-16 სამთო ბატალიონი.
სამთო ბატალიონს საფუძველი საქართველოს ეროვნულმა გმირმა ბესიკ ქუთათელაძემ ჩაუყარა. საჩხერეს სამთო ბატალიონმა საქართველოს ტერიტორიული მთლიანობის აღდგენისთვის ბრძოლებში მიიღო მონაწილება. ბრძოლებში 21 სამხედრო მოსამსახურე დაიღუპა.

ვარდების რევოლუციის და ახალი ხელისუფლების მოსვლის შემდეგ, შეიარაღებულმა ძალებმა სწრაფი ტემპით დაიწყო განვითარება, რამაც შესაბამისად იმოქმედა საჩხერის სამთო მომზადების სკოლაზეც.

2006 წლის 14 აგვისტოს საქართველოს თავდაცვის მინისტრის N#240 ბრძანების საფუძველზე საჩხერის სამთო მომზადების სკოლა შეიქმნა.

ნატოსთან ორმხრივი თანამშრომლობის ფარგლებში 2010 წელს სკოლას ოფიციალურად მიენიჭა PfP-ის (პარტნიორობა მშვიდობისათვის პროგრამა) მომზადებისა და განათლების ცენტრის სტატუსი.